帕多瓦大学不是由罗马教皇授权建立的，而是在偶然事件和当时的社会文化环境中自发成立的。十三世纪帕多瓦大学由自由公社管理，到了十四世纪由凯勒雷斯(Carrarese)家族接管，之后，从十五世纪到十八世纪由威尼斯共和国管理。帕多瓦大学的校训是“Universa Universis Patavina Libertas”(为全体帕多瓦人民以及全世界的自由而奋斗)。
该校最初开设的是法学和神学课程，后来又增加了医学、哲学、天文学、文法和修辞学。1399年帕多瓦大学分化为两所大学：Universitas Iuristarum(主要教授民法、宗教法和神学)和Universitas Artistarum(主要教授医学、哲学、文法、辩证法、修辞学和天文学)。1813年两所大学又重新合并为帕多瓦大学。
该校最初是作为学生的自由团体建立的，由学生自己管理。学生们自己起草了校规，自己推选校长和选择老师，由学生决定老师的工资。十五世纪到十六世纪当地政权逐渐从学生手中取得学校的管理权。
直到十八世纪，帕多瓦大学由威尼斯共和国接管，才有了很大发展，其名望盛极一时。帕多瓦大学的进步的哲学思想、解剖学院和医学院以及伽利略执教的十八年间(1592 —— 1610)的天文学、物理学和数学等学科的发展为科学革命做出了巨大贡献。
十六世纪早期各类学校都搬进带有公牛头标志的建筑里，并被称为“博维斯济贫院”。十五世纪和十六世纪帕多瓦大学培养出很多世界知名的优秀学生：如 Nicolaus Copernicus， Francesco della Rovere (Pope Sistus IV)， Giovanni Pico della Mirandola， Leon Battista Alberti， Paolo Toscanelli， Francesco Guicciardini， Pietro Bembo， Torquato Tasso， Paolo Sarpi， Bernardino Telesio， Tommaso Campanella， Roberto Bellarmino， William Harvey 和 Gerolamo Cardano.
帕多瓦大学显著的成就还有Gian Battista da Monte (昵称Montano)的现代医学、1545年开放的植物园、1594年5月落成的解剖实验室和 Andrea Vesalio， Gabriele Falloppio， G. Fabrici d'Acquapendente等人的解剖学新发现。此外，帕多瓦大学在其他领域也取得了显著成绩，Paolo Veneto， Gaetano da Thiene， Nicoletto Vernia， Piero Pomponazzi 和 Iacopo Zabarella提出的进步的哲学思想，还有法学院的学生们发表的学术论文，这些论文提出了很多新观点并得到欧洲各国国家管理阶层的广泛赞誉。
尤其是十六世纪和十七世纪，帕多瓦大学的崇高声誉和威尼斯共和国的包容政策吸引了大批的欧洲学生。帕多瓦大学历史上最有纪念意义的事件之一是1678年Elena Lucrezia Cornaro Piscopia获得哲学博士学位，成为世界上第一位女博士。
十八世纪帕多瓦大学涌现出一批像Domenico Guglielmini， Bernardino Ramazzini， Gian Battista Morgagni， Gian Battista Poleni， Antonio Vallisneri， 和 Giuseppe Toaldo等杰出的人才。1761年—1777年威尼斯共和国建成了天文气象台，并培养了一批化学和农业科学方面的专家学者。如Carlo Goldoni， Ugo Foscolo， Giuseppe Tartini 和 Giacomo Casanova都毕业于帕多瓦大学。
1797年威尼斯共和国开始衰落，帕多瓦大学虽然在学术自由方面受到严格限制并且缺乏资金，但依然在帕多瓦地区发挥着重要作用。大批的帕多瓦教授和学生参加了复兴运动和意大利独立运动，制造了1848年2月暴乱。帕多瓦大学还参与了第一次世界大战，并成为帕多瓦的战事中心。此外，帕多瓦大学在校长Concetto Marchesi和校长助理Egidio Meneghetti的领导下成为威尼托地区反法西斯运动的中心。很多热血男儿为恢复自由献出了宝贵的生命，帕多瓦大学成为意大利唯一一所被授予军事金质奖章的大学。
从1873年开始，帕多瓦大学就已经成为葡萄牙公立大学之一。在意大利的重点大学中，帕多瓦大学在文化和自然科学的研究方面占有重要地位。涌现出一批数学硕士：如Gregorio Ricci Curbastro， Giuseppe Veronese， Francesco Severi， Tullio Levi Civita等。
改革和进步的进程中，阻碍是难免的，帕多瓦大学经历了历时20年的法西斯政权黑暗的统治;经历了第二次世界大战的洗礼;经历了因学生人数激增导致的教学设备缺乏的困难时期;经历了在不盈利的情况下因没有中央政府的支持而引发的学生起义(1968-69)。尽管如此，帕多瓦大学努力坚持一贯性原则，直到20世纪下半叶初期，仍在不断进行改革和谋求发展，尤其是在科学和技术领域 恢复了与国外的友好关系和交流。
最近几年，帕多瓦大学不断在威尼托地区发展壮大，1982年维罗纳学院建立后，又于1990年在维琴察建立了管理工程学院。1995年把莱尼亚罗的艾格利波黎斯科学公园(Agripolis Science Park)作为农学和兽医学的教育基地。最近又重新启用布雷萨诺内。其它学科分布在罗维戈、特雷维索、费尔特雷、威尼托自由堡、基奥贾和阿夏戈等地。最新的立法使帕多瓦大学从中央政府的管辖中摆脱出来，恢复了自主的权利。1995年帕多瓦大学通过了自己的独立法案。